PCR实验室原则上为试剂准备区、样品制备区、扩增区和扩增产物分析区四个单独的工作区域并设有专用走廊，各工作区域应设缓冲间，工作区与缓冲间宜安装连锁装置。不同功能的工作区应是分隔独立的，各工作区有明显的标志，不能直通，如果紧密相连，需安装物品传递窗。进入各工作区域必须严格按照单一方向进行，即从试剂准备区→样品制备区→扩增区→扩增产物分析区。
各区域之间应具备单向的实验工艺流、物流、人流与气流，形成单向流程的保护屏障，避免实验之间的相互干扰，防止气溶胶扩散对实验过程造成污染。为避免各个实验区域交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式，严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
各区主要功能及设备：
1、试剂准备区
主要进行试剂的制备、分装和主反应混合液的制备。试剂和用于样品制作的材料应直接运送至该区，不得经过其它区域。试剂原材料必须贮存在本区内，并在本区内制备成所需的试剂。
主要设备：天平、冰箱、离心机、加样器、振荡器等。
气流压力的控制，本区并没有严格的要求。
2、样品制备区
主要进行样品的保存、核酸(RNA、DNA)提取、贮存及其加入至扩增反应管和测定DNA的合成。
主要设备：冰箱、生物安全柜、离心机、加样器、振荡器、恒温水浴等。
压力梯度要求为：相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。
3、扩增区
主要进行DNA扩增。此外，已制备的DNA模板 (来自样品制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂准备区)制备成反 应混合液等也可在本区内进行。
主要设备：扩增仪、冰箱、离心机、加样器等。
压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶胶从本区漏出。
4、扩增产物分析区
主要进行扩增产物的测定。
主要设备：酶标仪、洗板机、加样器和水浴箱等。
压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域。
